Bir grup genç Japon savaşçısı, bir dağ evinde yıllarca eğitilir. Amaçları ülkeyi savaşa ve kaosa sürükleyen 3 savaş beyine suikast düzenlemektir. Eğitim sonunda zorlu bir tercih yapmak zorunda kalan ekipten 5 kişi suikastçi olarak görevlerine başlar. Suikast ekibinin güzel üyesi Azumi, aralarındaki en hızlı ve güçlü savaşçıdır. Görevlerini yerine getirmeye başlayan grubu zorlu mücadeleler beklemektedir. Savaş beylerinin ordularını geçerek onlara ulaşmaları ve peşlerindeki katillerden kurtulmaları gerekecektir.

Hemen ilk filmin son olaylarından sonra, Azumi ve onun kalan diğer arkadaşı suikast yaptığı bir savaş lordunun adamları tarafından avlanır. Kurtularak, özgürlük dövüşçülerinin bir grubuna katılmalıdır ve kalan savaş lordunu öldürmelidir. Japonya'ya barışı getirmelidir.

Özel araştırmacı Kogoro, Tokyo Zirvesindeki devasa Okyanus tesisine bir patlama yapmakla suçlanıyor. Kogoro tutuklandı ve Conan ismini temizlemek için bir soruşturma yürütüyor. Ancak, bu pek çok isimle giden bir Siyah Örgüt üyesi olan Tooru Amuro'nun soruşturmasına müdahale etmesi zorlaşıyor.