Kunugigaoka Ortaokulu öğrencilerinin mezun olmadan önce bir görevi vardır; o da Ay’ın %70’ini yok eden ve 1 yıl içinde Dünya’yı da yok edecek olan öğretmenleri Koro-sensei’yi öldürmektir. İşin aslına bakacak olursak Dünya’yı bir yıl içinde yerle bir edeceğini duyuran Koro-sensei; bundan önce tüm ülkelere şöhreti kötü 3-E sınıfının öğretmeni olup 1 yıl süreyle öğrencilere kendisini nasıl öldürebilecekleri konusunda eğitim vermeyi önerir.

Westalis isimli ülke adına çalışan ve kod adı "Alacakaranlık" olan bir casus, komşu ülke Ostania ile aradaki sürtüşmeyi durdurmak ve barışı sağlamak adına bir görev almıştır. Aldığı bu görevde Alacakaranlık, Ostanialı bir politikacı olan Donovan Desmond'a yakınlaşmak mecburiyetindedir ve bu görevi başarabilmek için sahte bir aile kurmak zorundadır. Yetimhaneden sahipleneceği Anya ve "Dikenli Prenses" olarak bilinen Yor ile tanışıp bir yuva kuracaklardır.