Jonathan Joestar zengin, asil, herkesin arzu edeceği hayata sahip bir çocuktur. Dio Brando ise babasının ölmesiyle JoJo ailesine evlatlık gelmiş hırslı ve yetenekli bir çocuktur. Hikaye, Jonathan Joestar ve Dio Brando'dan başlayarak iki ailenin birkaç nesil boyunca birbiri ile olan mücadelesini konu almaktadır.

Tokyo'nun Ginza kesiminde 21. yüzyıl civarlarında bir geçit belirir. Bu geçitten canavarlar, Orta Çağ şövalyeleri ve diğer fantazivari mahluklar Tokyo'ya akın eder ve vatandaşların çoğunu katlederler. Bu olay da Ginza Hadisesi olarak bilinir. Devlet, Japon Meşru Müdafaa Gücünden, liderliğini otaku bir asker olan Yoji'nin yaptığı küçük bir askeri grubu bu geçidin ardına yollar. Askerler, buradaki dünyanın bir ejderha tarafından yakılıp yıkılmış olduğunu görürler. Ejderhanın bu taşkınlığından sağ çıkabilen elf kızımız da grubun, bu tehlikeli dünyadaki macerasının ortasında bulur kendini.

Elric kardeşler Edward ve Alphonse ölen annelerini diriltmek için alchemy’e başvururlar. Ama insan ruhunu ile değiş-tokuş yapılacak eş değerde bir şey bulunmamaktadır. Deney sırasında büyük kardeş Edward bacağını, küçük kardeş Alphonse ise bedenini kaybeder. Edward elindeki son çareyi kullanıp Al’ın ruhunu bir zırha bağlamayı başarır ama bu esnada da kolunu kaybeder. İki kardeş annelerinin dirilmesinin imkansız olduğunu büyük kayıplardan sonra anlar. Automail sayesinde mekanik uzuvlarına kavuşan Ed, kardeşine olanların kendi suçu olduğuna inanır. Al'ın bedenini geri almak ve alchemy’i daha da iyi öğrenmek için Elric kardeşler evlerini yakıp yolcuğa çıkarlar.

Lise öğrencisi Natsuo, neşeli ve popüler öğretmeni Hina'ya umutsuzca âşıktır. Bir gün bir partideyken, Rui adındaki bunalımlı bir kızla tanışır ve bu tanışma yatakta sonuçlanır. Bir müddet sonra Natsuo'nun babası yeniden evleneceğini açıklar. Evleneceği kadının iki tane kızı vardır. Ve ortaya çıkar ki bu iki kız Hina ve Rui'den başkası değildir! Natsuo'nun şok edici yeni hayatı başlar!