Hana üniversitede sessiz sakin kendi halinde bir gence aşık olur. Aşkları ilerlerken bir gün evlenme kararı alırlar ve ardından Hana büyük bir gerçeği öğrenir. Eşi "Ookami" bir kurt adamdır ve türünün sonuncusudur. Ardından bir zaman geçer ve iki çocukları olur. Birine "Yuki" birine "Ame" derler. Yuki oldukça inatçı ve yaramaz bir kızdır. Ame ise tam tersi, oldukça sessiz ve ürkek. Ve bir gün babaları ortadan kaybolur. Aradan geçen bir zaman sonra babalarını ölü bulurlar. Bunun üzerine hayatları git gide daha da zorlaşır. Ardından bir karar alan Hana şehirden uzak, ıssız bir dağ evine taşınır. Taşındıkları yeri benimserler ve güzel bir hayat sürerler. Fakat ortada büyük bir sorun vardır. Çocukları kim olduklarıyla ilgili sorular sorarlar, ve ne olacaklarına dair endişeleri vardır. Kurt mu, yoksa insan mı? * Böyle animasyonları izledikten sonra insanın içi huzurla doluyor. Bittiğinde yüzünüzde hoş bir gülümseme kalıyor aynı Hana gibi

Studio Gin'ei film yapımcısı Gen'ya Tachibana, gençlik yıllarının ünlü film yıldızı Chiyoko Fujiwara'nın hayatını belgesel haline getirmeye karar verir. Chiyoko 1930'dan 1960'a kadar çalıştığı stüdyonun baş kadın oyuncusu olmuştur. Ama kariyerinin zirvesinde oyunculuğu bırakıp inzivaya çekilmiştir. Tachibana ve ekibindeki insanlar Chiyoko hayatını anlatırken kendilerini eşsiz hatıraların saklandığı bir zaman tünelinde bulurlar.

Okyanus kralının kızı olan Ponyo, sıradan bir balık değildir. Denizin tüm sihri emrine amadedir. Ponyo, yaşadığı denize yakın bir yerde oturan beş yaşındaki Sosuke ile arkadaş olduğunda aralarında özel bir bağ oluşur ve Ponyo insan olmak ister. Sosuke ile arkadaşlığını karada da sürdürmek isteyen Ponyo, hayallerini gerçekleştirir ama bu sefer de doğanın dengesiyle oynamış olur. Bu dengeyi yeniden sağlamak için büyük fedakarlıklar yapması gerekecektir.