Bir grup astronot, çok uzun bir yolculuğun sonunda uyanarak, bilinmeyen bir gezegene iniş yapar. Burada konuşmayı bilmeyen ilkel mağara insanları ile, konuşan, avlanan, adeta insanla yer değiştirerek medeniyet kurmuş maymunlar yaşamaktadır. Grup dağılır, astronotlardan George Taylor, insan avcısı maymunlar tarafından esir edilir. Üzerlerinde deney yapılacaktır ki, maymunlardan Dr. Zaius, esir Taylor'ın konuşulanları anlayan, 'maymunlar kadar zeki' bir insan olduğunu fark eder. Bu durumun yerleşik inançlara ters düşüp evrim kuramını altüst edeceğini düşünen tutucu doktor, olan biteni görmezden gelir. O esnada devreye idealist ve sempatik Cornelius ile Dr. Zira girerek Taylor'ı korumaya çalışırlar. Diğer arkadaşlarını bulmak ve esaretten kurtulmak isteyen Taylor, çıkan bir kargaşadan faydalanarak güzel Nova'yla beraber kaçmaya başlar.

Bir uzay gemisi içinden çıkan üç astronor aslında insana benzeyen maymunlardır. Cornelius ve Dr. Ziraya ek olarak bir de Dr. Milo'dan oluşan mürettebat incelenmek üzere Los Angeles Hayvanat Bahçesinde müşade altına alınır. Maymunlar yavaş yavaş tüm yeteneklerini sergilemeye ve yaşadıkları hikayeyi özetlemeye başlarlar. Gerçekten de gelecekten, 3955'ten 1973'e dönmeyi başarmışlardır. Yok olan bir dünyadan geriye kalan canlılardır onlar. Dolayısıyla şimdi geleceği ve insan ırkını bekleyen tehlikeyi de bilmektedirler. Kediler ve köpeklerin bir salgın sonucu nasıl yok olduğu; insanların ev hayvanı olarak maymunları beslemeye nasıl başladıkları; maymunların zamanla nasıl zeka kazandığı gibi ayrıntıları, incelemeleri yürüten ekibi dehşete düşürür. Ekibin başındaki Dr. Hasslien, her ne pahasına olursa olsun dünyayı bu gelecekten kurtarmak için gerçekleri deşmeye başlar. Bunlar ne yazık ki maymun dostlarımız için çok da rahat bir hayata işaret etmemektedir.

İlk filmin sonunda yabancı bir gezegende değil, tarumar olmuş bir dünyanın geleceğinde olduklarını anlayan Taylor ve Nova, Yasak Bölge'deki seyahatlerini sürdürürken Brent adlı bir astronot, Taylor'ı aramaya gelir. At sırtında tek başına dolaşan Nova'ya rastladığında, konuşmayı bilmeyen genç kadından bir şekilde Taylor'ın Yasak Bölge'de kaybolduğunu öğrenir. Aslında Taylor, yeraltındaki tünellerde yaşayan bir grup insan tarafından esir tutulmaktadır. Kendilerince tuhaf bir din geliştirmiş ve telepatik güçleri de olan bu insanlar, maymunların Yasak Bölge'yi istila etmek üzere olduğuna inanmaktadırlar. Ellerinde herşeyi bitirecek çok güçlü bir silah vardır ama bütün bunlar gezegenin bu kez tamamen yokolmasına sebep olabilecek gibi durmaktadır.