Dark Horse Comics’in aynı adlı çizgi romanından uyarlanan Dark Matter, enkaz halindeki uzay gemisinde hafızasını kaybetmiş halde uyanan ve neden orada olduğuna dair hiçbir fikri olmadan bu sırrı çözmeye çalışan altı kişilik bir mürettebatın hikayesini anlatır.

Yetim Black, Sarah adında zor koşullara adapte olabilmiş kılık değiştiren bir yetimdir. Bir kadının intiharına tanık olduktan sonra Sarah kurbanın kendine çok benzediğini fark eder. Ölü kadının yerine geçerek birikimlerini kullanınca bütün sorunlarının çözüleceğini zannederken onun yerine şaşırtıcı bir gizemin farkına varır: Ölü kadın ve kendisi birer klondur. Sarah cevaplar aradıkça kendisi gibi birçok insanın olduğu öğrenir. Bu kişiler aile fertlerinden şüphelenmeyen ve tamamen farklı koşullarda yetişen genetik olarak aynı insanlardır. Bu klonları kimin yarattığını bilmezken neden bir suikastçi tarafından bir bir öldürüldüklerini de bulmak zorundadır.