Bir grup bilim adamı kayıp şehir Atlantis'in yerini tespit eder. Sanıldığı üzere Atlantis dünyada değil, Pegasus Galaksisi'ndedir. Popüler Stargate SG-1 dizisinin alternatif devamı olarak çekilen bu dizide, Diplomat Dr. Elizabeth Weir'ın öncülüğünde farklı milletlerden gelen bir bilim adamı ve asker grubu, Atlantis'e doğru geri dönüşü olmayan bir yolculuğa çıkarlar. Görevleri büyük güçlere sahip kadim ırklar tarafından inşa edildiği anlaşılan bu şehrin gizemlerini araştırmak ve keşiflerini dünyaya getirmektir. Ancak geri dönüşleri, bunu sağlayacak teknolojiyi Atlantis'te bulmalarına bağlıdır; hiçbir destek veya kurtarma görevi olmayacaktır.

Evlerinin yandığı şüpheli bir yangında, annelerinin ölümünden sonra, Sam ve Dean Winchester yaşları büyüdükçe babaları ile yollarda bir hayat yaşamaya başlarlar. Yıllar geçer ve bir av sırasında kaybolan babalarını bulmak için kardeşler bir araya gelirler. Ancak, babaları normal bir avcı değildir: o hayaletler, vampirler, ve ruhlar gibi doğaüstü yaratıkları avlar ve aynı şeyi oğullarına da çok küçük yaşlardan itibaren öğretmiştir. Yol boyunca, Sam ve Dean, masum insanları yaratıklar ve hayaletlerden kurtarmak için büyük bir mücadeleye girerler ve babalarının nerede olduğuna dair ipuçlarını toplarlar.