Dünyaya dev bir astreoid düşer ve küçük bir kıza çarpıp onu dev bir canavara dönüştürür. Bunun üzerine ülkenin gizli ajanları onu da kaçırıp, yıllardır beraber yaşayan garip yaratıkların toplandığı gizli bir tesise kapatırlar. Fakat uzaylı bir tehdit karşısında çaresiz kaldıklarında yardım alabilecekleri tek yer vardır... Yaratıklar!

Yaşadıkları hayvanat bahçesinde kendi düzenlerini kurmuş dört arkadaş hayatlarından çok mutludurlar. Aslan Kral Alex, Zebra Marty, Zürafa Melman ve Su Aygırı Gloria, şehrin ortasında kendi ormanlarını kurmuşlardır. Normal seyreden hayatları içlerinden birinin mecara arayışı yüzünden değişir. Zebra Marty merak ettiği dış dünyayı keşfetmek uğruna bir gece hayvanat bahçesinden kaçar. Onun yokluğunu fark eden arkadaşları çok sevdikleri dostlarını bulmak için yollara düşerler. Başlarına birbirinden komik olaylar gelen ekip, sonunda kendilerini Madagaskar adasında bulurlar. Ancak alıştıkları rahat düzenden uzak kalmak ve doğal yaşama uyum sağlamak onlar için pek de kolay olmayacaktır.

Bu kez Alex, Marty, Melman, Gloria, Kral Julien, Maurice hatta penguenler ile şempanzeler, hep birlikte Madagaskar sahillerinde bir adadadırlar. Ortada aşmaları gereken bir sorun vardır ve bunun için çare arayışına girerler. Penguenler uçak tamirine başlar. Ancak uçağa binince yeterince havada kalma şansları olmaz. Bundan sonrasında da Afrika’da kendilerine benzeyen hayvanlarla birlikte olacaklardır. Tabii ki Central Park’taki evlerinden daha güvende oldukları epeyce şüphelidir.

Şrek ve Fiona bataklıkta mutlu hayatlarına devam ederlerken Fiona'nın babası Kral Harold rahatsızlanır. Şrek bir başka varis bulamazsa tahta kendisi geçmek zorundadır.

Büyük hayalleri olan küçük balık Oscar, ünlü olmak için küçük bir yalan söyler. Mafya babası köpekbalığı Don Lino'nun sakin karakterli oğlu Lenny'i ile işbirliği yaparak onu öldürdüğü yalanını yayarlar. Kısa sürede herkes Oscar'dan bahsetmekte ve ondan korkmaktadır. Fakat küçük balığın yalanı onu tahmin bile edemeyeceği kadar büyük bir belaya sokmuştur. Artık denizlerde herkes onu avlamaya çalışmaktadır. Hem intikam almaya çalışan Don Lino ve çetesi, hem de Oscar'ı öldürerek şöhret olmak isteyenler...

Shrek ile Fiona balayından dönmüştür. Fiona'nın ailesinden gelen bir davet mektubuyla karşılaşırlar. Fiona'nın kral babasıyla kraliçe annesi, yeni evli çifti Uzak Ülke'ye davet etmektedir. Bunun üzerine yanlarına Eşek'i de alarak yola çıkarlar. Prensesin geri dönüşünü kutlamak için Uzak Ülke'nin vatandaşları sokaklara dökülmüştür. Kral ve Kraliçe de sevgili kızlarının ve hiç tanımadıkları damatlarının (yeni Prens) dönüşünü heyecanla beklemektedir. Ancak her ikisi de yeni damatlarının dış görünümüne hazırlıklı değildir. Üstelik sevgili kızları da çok değişmiştir. Shrek ile Fiona'nın bilmediği bazı gerçekler vardır. Bu sürpriz evlilikle birlikte Fiona'nın kral babasının geleceğe yönelik planları suya düşmüştür. Bunun üzerine o ana kadar ki bütün gelişmeleri tersine çevirebilmek için Fiona'nın Peri Vaftiz Annesinden, Yakışıklı Prensten ve ünlü canavar avcısı Çizmeli Kedi'den yardım ister.

Poppy ve Branch, kendilerinin altı ayrı troll kabilesinden birinin üyesi olduklarını öğrenirler. Her bir kabile funk, country, tekno, klasik müzik, pop ve rock gibi müzik türlerini temsil ediyordur. Hard rock grubun üye olan Queen Barb babası King Trash’in yardımıyla, diğer tüm müzik türlerini yok etmek istiyordur. Böylece tüm dünyaya rock müzik hakim olacaktır. Poppy ve Branch, Queen Barb’a karşı zorlu bir savaşa girişirler.

Genç Yi Şangay’daki apartmanının çatısında genç bir Yeti’yle karşılaşır. Haylaz arkadaşları Jin ve Peng ile birlikte ona "Everest" adını verirler ve sihirli yaratığı dünyanın en yüksek noktasında ailesiyle buluşturmak için efsanevi bir yolculuğa çıkarlar. Fakat üç arkadaşın Everest’in evine gitmesine yardım etmek için Yeti’yi yakalamaya çalışan bir zengin olan Burnish ile zoolog Dr. Zara’dan bir adım önde olmaları gerekmektedir.

The Bad Guy, efsanevi soygunlara imza atan beş kötü adama odaklanıyor. Bu zamana kadar birçok soyguna imza atan Bay Wolf, Bay Snake, Bay Piranha, Bay Shark ve Bayan Tarantula, şimdi hayatlarının en zorlu işini yapmaya kalkışır. Büyük bir soygun için plan yapan ekip, bu sırada başlarına gelenlere rağmen planlarını uygulayabilecek midir?

Templaton kardeşler; Tim ve Patron Bebek, küçük kardeşi Ted yetişkin olmuş ve birbirlerinden ayrı düşmüşlerdir. Tim, artık evli, çalışmayan bir babadır. Ted, yüksek riskli yatırım fonu CEO’sudur. Ama modern ve hevesli bir yaklaşıma sahip olan yeni bir patron bebek onları bir araya getirmek ve yeni bir aile şirketine ilham olmak üzeredir.