Yakın gelecekte yaşlanmış ve yorgun olan Wolverine ve Professor X, Meksika sınırında saklanmaktadır. Fakat Logan'ın dünyadan gizlenmesi ve mirası, karanlık güçler tarafından takip edilen genç bir mutant geldiğinde sona erer. Şimdi Wolverine'de genç bir kadın klonunu Nathanial Essex'in liderliğindeki kötü bir organizasyondan korumalıdır.

Pilot Brodie Torrance, yıldırım düşmesi sonucu hasar alan uçağı savaş alanına dönmüş bir adaya indirerek yolcuları kurtarır. Fakat bu inişin hayatta kalma mücadelesinin sadece başlangıcı olduğunu fark eder. Bütün yolcular tehlikeli zorbalar tarafından rehin alındığında, Torrance’in yardım isteyeceği tek bir kişi vardır; bu, cinayetle suçlanan ve FBI tarafından başka bir yere transfer edilen Louis Gaspare’in kendisidir ve onda gördüğünden çok daha fazlası olduğunu öğrenecektir.