Balkan Ninnisi, Üsküp'te farklı milletlerden olan iki gencin sevdaları uğruna verdikleri mücadelenin hikayesini konu alıyor. Dizi, önceden hayatları kesişen ve tarihi bir konakta buluşan Türk ve Makedon aileler ile birbirlerini çok seven iki gencin yaşamlarından kesitleri anlatacak.

Emniyet Müdürlüğü’nün yedi özel polisi ve bu gözde ekibin baba gibi gördüğü amirleri Kadir... Birlikte geçirdikleri yıllar sonunda gerçek bir aileye dönüşen ekip organize suç lideri Ejder’in peşinde... Uzun bir takibin sonunda Ejder’e ulaşan ekip aslında hayalini kurdukları operasyon “Sıfırıncı Gün” ile hayatlarının baştan sona değişeceğinden habersiz. O güne kadar hayalini kurdukları operasyon planladıkları gibi gitmez. Başarısızlığın sorumluluğunu ekibin iki gözde üyesi Özgür ve Mert üstlenir ve bir plan yaparlar. Amirleri Kadir de dosyanın peşini bırakmaz. Birbirleri için canlarını ortaya koyacak ekip, küllerinden doğmak ve intikamlarını alıp biraz olsun acılarını dindirebilmek için yeniden bir araya gelir.