Eşref Bey karısı Serap Hanım'la birlikte Ege'de bir kasabada yaşamakta, kendi zeytinlikleri ve zeytinyağı fabrikasıyla geçimini sağlamaktadır. Hayatta en büyük gururu olan beş çocuğunu en iyi şekilde yetiştirmiştir. Artık ömrünün sonbaharında, ondan uzak yaşayan çocuklarının başarılarıyla gururlanmaktayken, karısının ani ölümü Eşref Bey'i derinden sarsar. Bu olayla sadece karısını değil, ona bağlılığından şüphe duymadığı beş çocuğuyla arasındaki köprüyü de kaybeder Eşref Bey. Ve bu köprüyü yeniden kurmak için yıllardır dışına adım atmadığı Kasabasından çıkıp, İstanbul'a çocuklarını ziyarete gitmeye karar verir.

Osmanlı İmparatorluğu'nun adım adım adım çöküşe gittiği gerçeğini algılayamayan ve bu nedenle düşman işgaline rağmen İstanbul Hükümetini samimi bir çabayla savunmayı sürdüren bir din adamı (Çetin Tekindor) Kuvayi Milliye'nin ilk tohumlarının atıldığı Akşehir'e gelir. Görevi, sarayın otoritesini tanımayan bu yeni hareketi, din adamı kimliğini kullanarak daha doğuş sürecindeyken provoke etmektir. Ancak, kahramanımız zaman içinde gördükleri ve yaşadıklarıyla giderek bilinçlenecek, ulusal kurtuluş ordusunun en önde gelen mücahitlerinden birine dönüşecektir. Kendisine silahlı cihadı öğreten deli dolu çete reisi (Erol Taş), yaşadığı uzun dönüşüm sürecinin ardından ona şöyle der: "Ben buraların ağasıyım. Sen de artık ağa oldun. Ama bir bölgeye iki tane ağa olmaz. Ben varken sen de bundan böyle Küçük Ağa olarak anılacaksın."

Muğla'nın sayılı zenginlerinden olan Vardarlıların oğlu Emirhan, okulunu bitirip işini başına geçtiğinde tesadüfen tanıştığı ve orta halli bir ailenin kızı olan Reyhan'a aşık olur. Emirhan ile Reyhan'ın tesadüfi karşılaşmaları onların ilk karşılaşması değildir. Yıllar önce doğduklarında da yolları kesişen bu iki kadersiz insan, yıllarca büyük bir yalanla yaşamıştır. Bu evlilikle beraber, o sır da ortaya çıkacaktır. İstanbul'da yaşayan Reyhan yüreğinin götürdüğü yere, Emirhan'ın memleketi Muğla'ya gelin gider. Vardarlılar Reyhan'ı kabul etmemekte ısrarlıdırlar. Onlara göre biricik oğulları, onlardan habersiz, üstelik aileye yakışmayan bir evlilik yapmıştır. Reyhan ve Emirhan'ın evliliğinde fırtınalar dinmek bilmez.

Yaşamını beş çocuğuna iyi fikirler ve temiz bir isim vermeye adayan Ali Rıza Tekin, yaşadığı bir olayda haksızlığa göz yumması istenince kaymakamlık görevinden istifa eder. Kızı Necla da İstanbul'da mimarlık bölümünü kazanınca, ailecek İstanbul'a, kendilerine ait eski bir konağa taşınırlar. Çocukların okul masrafları aileyi sıkıntıya sokunca Ali Rıza Bey yeniden çalışmaya başlar. Yeni işinde de prensiplerinden ödün vermesi istenince yine istifa eder. Askerden dönen oğlu Şevket bir bankada iyi bir maaşla çalışmaya başlayınca Ali Rıza Bey'in yükü hafifler. Ama Şevket gönlünü halihazırda evli bir kadın olan meslektaşı Ferhunde'ye kaptırır. Ferhunde ivedilikle boşanıp Şevket'le evlenir evlenmez dizginleri ele alır, evin bütün düzenini değiştirir. Oğuz Ayhan'ın da aileye sinsice girmesiyle beraber olaylar yavaş yavaş kötüye gider. Ali Rıza Bey tüm olanlara direnmeye çalışsa da ömrünün sonuna dek seyretmeye mahkum olduğu "Yaprak Dökümü" artık başlamıştır.

İzmir’de yaşayan, tıp fakültesini yeni bitirmiş olan Deniz, sevgilisi Arhan’ın ailesiyle tanışmak için Kapadokya’ya gider. Masal gibi başlayan bu yolculuk kimsenin beklemediği bir savaşın fitilinin ateşlenmesine neden olur. Her şeye rağmen evlenmekte kararlı olan Arhan ve Deniz’in ihtişamlı düğünü kanlı bir geceye dönüşür. Şimdi Deniz hiç bilmediği bir coğrafyada, kendisine düşman Alaca ailesinin içerisinde var olma savaşı verecektir. Deniz ve Arhan onları çevreleyen bunca zorluğa rağmen aşklarını korumayı başarabilecekler midir?

Zeliş'le (Doğa Rutkay) Nasip artık birbirlerini sevmedikleri için boşanmışlardır. İkiz bebekleri ile anne (Oya Aydoğan) ve babasının (Halil Ergün) yanında kalan Zeliş üniversiteye gitmeye karar vermiştir. Diğer yandan da dayısı (Hüseyin Avni Danyal) ve yengesi (Pakize Suda) ona yeni bir koca bulma arayışındadırlar.