1944 yılı İspanya'sında, sivil savaş kargaşası sona ermiş görünse de, Navarra'nın kuzeyindeki dağlık bölgelerde çatışmalar sürmektedir. Kendi hayal dünyasında yaşayan 10 yaşındaki Ofelia, hamile annesi Carmen'le birlikte, Navarra'ya, üvey babası Kaptan Vidal'in yanına gider. Kaptan Vidal, faşist yönetimin emrinde çalışan ve sınırları isyancılardan temizlemekle görevli bir memurdur. Sert mizacı ve otoriter tavrı nedeniyle üvey babasıyla en ufak bir yakınlık kuramayan Ofelia, bir gün arka bahçelerinde, esrarengiz bir labirent keşfeder. Bu labirentin içinde tanıştığı, gövdesinin yarısı insan yarısı yaratık olan Pan'la yaşayacakları, Ofelia'nın bütün yaşamını değiştirecektir.

1939 yılı, İspanya İç Savaşı'nda Franco'ya karşı savaşan Cumhuriyetçi bir direnişçi, küçük oğlu Carlos'u yetimhaneye bırakır. Franco'ya karşı direnişlerin çocuklarını saklayan bu yetimhanenin başında Carmen ve ona gizli bir aşk besleyen Profesör Casares bulunmaktadır. Yetimhaneye geldiği ilk günden beri, yaşça ondan daha büyük olan çocuklar Carlos ile uğraşmaya başlarlar. Ancak Carlos'la uğraşan yalnız bu çocuklar değildir; Carlos gizemli bir güç tarafından izlenmektedir.