Samurai Marathon 260 yıldır dünyaya kapalı bir şekilde, barış içinde yaşayan Japonya'ya, Amerikan emperyalistler gelir. Ülkenin efendisi amaçlarının dostane olmadığını farkeder ve barış içinde yaşamaya alışıp güçten düşen samuraylarını eğitmek ve güçlendirmek amacıyla uzun bir maraton düzenler.

Fallon Chu (Donnie Yen) bir Hong Kong Polis Özel Görev Gücü ajanıdır. Yüksek suç tespit oranına sahip çevik bir savaşçıdır. Hem polis gücünün hem de halkın gözünde bir rol modeli olarak kabul edilir. Deneyimleri ve dövüş yeteneklerini kullanarak Japonya'da tanınmış bir suçlunun davasında ona eşlik etme görevi verilir. Ne yazık ki, düğünlerini planlarken nişanlısı ile ilgili sorunlarla uğraşmak zorunda olduğu için özel hayatında işler iyi gitmez. Aralarındaki bir dizi aksilikten sonra aniden onu terk eder. Kalp kırıklığıyla, şok ve yalnızlık durumunu hafifletmek için kendini yemeğe verir ve üç ay içinde 130 kilo alır. 1978 te çıkan filmin remake versiyonudur.

Kenshin Himura; nam-ı diğer Battousai, efsanevi bir kılıç ustasıdır. Meiji Restorasyonu'ndan sonra kılıçla öldürmeyi bırakmıştır. Köyde, kılıç ustalığı okulu işleten Kaoru Kamiya ile huzurlu bir hayat yaşamaya çalışmaktadır. Bir gün ustamızın en sevdiği yemek mekanı olan Akabeko Restaurant yıkılır. Kenshin Himura orada "Junchu" yazılı bir not bulur. Son düşmanı intikam ateşiyle yanan tanıdık biridir.