Scrat yine asla ele geçiremediği meşe palamudunun, (ve bu sefer belki aşkın da) peşindedir. Manny ve Ellie yavruları minik mamutun doğmasını beklemektedirler. Miskin Sid, bulduğu dinozor yumurtalarından çıkan yavrularla kendine geçici bir aile kurar fakat bu, Sid için pek de iyi olmayacaktır. Kılıç dişli kaplan Diego da arkadaşlarıyla ilişkisinde çok yumuşak bir tavır sergileyip sergilemediğini sorgulamaktadır. Sid’i başına aldığı belalardan kurtarmak için çıktıkları yolculukta kendilerini birden gizemli bir yeraltı dünyasında bulan ekip, karşılaştıkları dinozorlar, aklını kaçırmış gibi duran değişik hayvan türleri, yeni bir bitki örtüsü ve tek gözlü, acımasız dinozor avcısı gelincik Buck ile heyecan dolu ve bir o kadar da eğlenceli bir maceranın ortasında kalırlar.

Manny, Diego ve Sid'in, kendilerini diğerlerinden ayıran afetten sonra sürüklendikleri bir kıtada başlarına gelenleri anlatıyor. Bir buzdağından derme çatma bir gemi yapan kahramanlarımızın maceralarla dolu epik deniz seferi böyle başlıyor. Manny ve arkadaşlarını bu yeni dünyada egzotik deniz canavarları ve acımasız korsanlar da bekliyor. Tarih öncesi sincap Scrat ise bildiğiniz gibi, lanetli palamudu onu nereye sürüklerse oraya gidiyor.

Uçmayı hiç öğrenememiş evcimen bir papağan olan Mavili (Blu), sahibi ve en yakın arkadaşı olan Linda ile Minnesota’nın Moose Lake şehrinde konforlu bir hayat sürmektedir. O güne dek Mavili’nin Makav kuş türünün son örneği olduğunu düşünen ikili, Rio de Janeiro’da Harika (Jewel) isimli bir dişi makavın yaşadığını öğrenince çok uzaktaki bu egzotik diyara doğru yolculuğa çıkar. Rio’ya varmalarından kısa bir süre sonra beceriksiz birkaç hayvan taciri tarafından kaçırılan Mavili ve Harika, tacirlerin elinden bir grup Riolu kuş tarafından kurtarılır. Yeni arkadaşlarının da desteğiyle hayvan tacirlerine karşı gelmeye çalışan Mavili için artık uçmayı öğrenmenin ve en iyi arkadaşı Linda’ya geri dönmenin bir yolunu bulmak için gereken cesareti kazanmanın zamanı gelmiştir.

Horton, bir toz zerresinden gelen yardım çığlığını işitince bu esrarengiz varlığın derdine derman olmak ister. Kimseyi görmemesine rağmen ona yardım etmeye karar verir. Görünce anlar ki, toz zerreciği Kimlerşehri'nde yaşayan Kimler'in evidir. İyi yürekli fil Horton, Kimler'i korumaya karar verir ama bu durum, talihsiz ve saf kahramanımıza zerrenin üzerinde herhangi bir şeyin hayatta kalabileceğini reddeden komşularının eziyetinden başka bir şey kazandırmayacaktır.