Sydney Bristow (J.Garner), üniversitenin ilk yılında CIA'in gizli kolu olduğuna inandığı SD-6 isimli bir örgütte çalışmaya başlar. Ancak SD-6’nın aslında devlete düşman olan ülkeler ve gruplar için çalışan bir anti-devlet örgütü olduğunu öğrenir. Sydney bu örgütü alt edebilmek ve intikam alabilmek amacıyla CIA ile çalışmaya başlar. O artık çift taraflı bir ajandır. Sydney, bir yandan esrarlı yaşam tarzını arkadaşlarından gizlemeye çalışırken, diğer yandan da türlü rakip ajanlarla, terörist gruplarla ve hainlerle savaşacaktır.

Dünyadaki hayvan türleri insanlara saldırmaya başlayınca tartışmalara sebep olan zoolog Jackson Oz bu ani değişikliğin nedenini bulmaya çalışır.