Uluslararası bağlantıları olan bir suç örgütünü çökertmek için görevlendirilen bir istihbarat ajanının hayat hikayesine odaklanıyor. Ali Kemal sözde sigorta şirketi yöneticisi karısı Esra ve kızı Tuğba’yla yaşayan sıradan biridir. Ancak ülkenin ekonomisinden politikasına kadar bir çok spekülasyonu yapabilecek olan iş adamı Ekrem’in peşindeki gizli bir devlet ajanıdır. İstihbarat müdürü Melek, Ali Kemal’i çocuk esirgeme kurumunda keşfetmiştir. Kardeşleri Sevda ve Nejat’la çocuk esirgeme kurumunda büyüyen Ali Kemal, halen daha kardeşlerini koruyup kollamaktadır. Fakat çevresindeki herkes onun bir ajan olduğunu bilmemektedir. Diğer yandan Ali Kemal’in başındaki işler yetmiyormuş gibi karısı Esra’nın kız kardeşi Ece ile kocası Suat’ın İstanbul’a yanlarına gelmesi yeni sorunlar açar başına. Babasının katilini bulmak için mücadele ederken, her zaman doğruların peşinde koşar. Ekrem’in bir türlü ele geçirilememesinden dert yanan Melek başka bir çözüm yolu bularak Ali Kemal’e Ekrem’in kız kardeşi Zeynep’i kendisine aşık etmesini ister.

Behzat Ç (Erdal Beşikçioğlu), 1985 yılında Polis Akademisi'nden mezun olmuş, cinayet bürosunda görev yapmakta olan bir polistir. Hizmet verdiği süre içerisinde almış olduğu cezalar nedeni ile hep başkomiser olarak kalmıştır. Behzat'ın eski eşi ile yaşadığı problemler kızına karşı ilgisiz kalmasına sebep olur. Bir süre sonra kızı Berna (Hazal Kaya) intihar eder. Behzat, bu olaydan sonra yıkılır. Behzat Ç. ve ekibinde yer alan polisler Harun (Fatih Artman), Hayalet (İnanç Konukçu), Akbaba (Berkan Şal), Eda (Seda Bakan), Selim (Hakan Hatipoğlu) ve Cevdet (Berke Üzrek), sezon boyunca bir yandan Behzat'ın kızının ölümü ile ilgili olabilecek kişiler ile ilişki kurarken, bir yandan da her bir bölümde yaşanan farklı cinayetlerin çözümü ile uğraşırlar.