İnsan Koloni güçlerinin gezegenleri Robot Cylon'lar tarafından yok edilmek üzere iken, Cylon saldırısından kurtulan irili ufaklı bir çok uzay gemisi derin uzayda buluşurlar ancak Cylon'ların onların peşini bırakmaya hiç niyetleri yoktur. Şimdi artık hem Cylon'lardan kaçmak, gerektiğinde savaşmak ve çok uzun yıllar önce atalarının kolonileşmek üzere ayrıldığı Dünya gezegenini bulmaktan başka çareleri yoktur.

Yakıtı azalan Battlestar Galactica, Cylonlar'a karşı saldırıya geçen ve kayıp olduğu düşünülen Battlestar Pegasus'tan yardım alır.