Thomas ve arkadaşları Labirent'ten kurtulmalarının ardından hapsoldukları tesisten kaçmayı başarmış ve dünyayı pençesinde tutan acımasız organizasyon W.I.C.K.E.D.'e direnen isyancı grup Right Hand ile bir araya gelmeyi başarabilmişlerdir. Ancak Teresa'nın ihaneti sonucu grup kendini bir kez daha W.I.C.K.E.D.'a karşı mücadele ederken bulmuş, bu mücadele sırasında Minho'nun, organizasyon tarafından yakalanmasını engelleyememişlerdir. Minho'yu kurtarmak için yola çıkan Thomas ve arkadaşları organizasyonun peşine düşer. Bu uğurda aldıkları kararlar yalnızca arkadaşlarının değil, dünyanın da kaderini değiştirecektir.

Köpekbalıkları ile ilgilenen doğa dostu Dr. Misty Calhoun, ilaç milyarderi Carl Durant tarafından yürütülen çok gizli bir projede görüşlerine başvurulmak üzere davet edildiğinde, şirketin denek olarak son derece agresif, ne yapacağı kestirilemeyen ve yakında tutulduğu yerden kurtularak büyük hasara yol açacak olan boğa köpekbalıklarını kullandıklarını öğrendiğinde şok olmuştur.