Alternatif bir gelecekte,biyolojik,nükleer ve kimyasal silahların kullanıldığı muazzam bir savaş,dünyayı yaşanamaz hale getirmiştir. Bu savaşın insanlık üzerindeki etkileri ise fiziksel ve ruhsal manada tam bir yıkım olur. Dokuların hızla bozulmasına sebep olan korkunç bir hastalık insanlar arasında yayılmaktadır. Bütün bu dehşete bir son vermek isteyen genetik bilimci, Dr Azuma; adına "neo-cell" dediği bir tedavi keşfeder. Bu hücreler sayesinde insan dokuları hızla yenilenmektedir. İblisvari korkunç bir şirket tarafından finanse edilen araştırmalar nihayete ermek üzeredir. Ancak hiç beklenmedik bir şey olur ve Prof.Azuma, büyük savaş esnasında ölen oğlu Tetsuyo'yu karşısında görür. Neo-hücreler, neo-insan denilen yepyeni bir türe doğru evrilmişlerdir. Tetsuyo ise efsanevi savaşçı Casshern olarak dirilmiştir....

1582 yılı... Cesur savaşçı Oda Nobugana, Japonya’yı fethetmesine ramak kala, general Akechi Mitsuhide tarafından öldürülür. Nobugana’nın generali Akechi’yi öldürdükten sonra Nobugana’nın hayali olan Japonya’yı tek bir hükümdarlık altına alma hayalini gerçekleştirir. Dünya barışı bir süreliğine sağlanmıştır; ta ki süper yeteneklere sahip ve amacı zenginden alıp fakire vermek olan ninja Goemon ortaya çıkana kadar...