Styker isimli kötü niyetli bir varlık şehrin ve insanlığın düzenine çomak sokmak üzere güç toplamaktadır. Büyük bir kaosu beraberinde getirmeyi amaçlayan William Styker, müthiş bir şehilde organize olmaktadır. Alışılmışın dışındaki süper güçleriyle çevresine korku yaymaya başlayan Styker'ın karşısına dikilebilecek tek ekip ise Profesör Charles Xavier'in üstün mutantlardan oluşan ekibidir. Magneto ise onlara yardım etmeye hazır bir biçimde beklemektedir. Mutantlar arasında ayrı bi öneme sahip olan Wolverine ise, kendi geçmişini aramak üzere bir yolculuğa çıkmanın eşiğindedir.

2014 yapımı Godzilla'nın devamı niteliğinde olan filmde, kripto-zoolojik bir kuruluş olan Monarch dünyanın çeşitli yerlerinde buldukları kadim yaratıkları izlemeye devam etmektedir. Ancak hükümetler 2014 yılında ki olaydan sonra bu kadim yaratıkların tamamen yok edilmesini istemektedir. Efsane oldukları düşünülen bu kadim süper türler bir anda tekrar uyanır ve birbirlerine üstünlük kurmak için savaşmaya başlar. Bu savaş insanlığı yok olmanın eşiğine getirecektir.