Felix adındaki bir genç yanlışlıkla sihirli bir kitabın kapağını açar bu kitap gölgelerin kitabıdır. Kötüler artık serbest kalmıştır bu yüzden dünyadaki herkes tehlike altındadır. Felix bu durumu arkadaşlarınada söyler ve sadece onlar bu durumu durdurabilir.

Mystery Inc.?in kapatılmasının üzerinden iki yıl geçmiştir. Scooby Doo, dedektif arkadaşları Fred (Freddie Prinze Jr.), Daphne (Sarah Michelle Gellar), Shaggy(Matthew Lillard) ve Velma (Linda Cardellini) ile birlikte Spooky Adası?na gönderilirler. Görevleri Spring Break bölgesindeki sıradışı olayları incelemektir.Spooky Adası'nın sahibi Emile Mondavarious (Rowan Atkinson) da buranın gerçekten perili olduğundan korktuğu için dedektifleri biraraya getirmek ve onlara yardımcı olmak istemektedir.Scooby ve arkadaşları kendi kişisel farklılıklarını bir yana bırakıp birlikte hareket etmek ve olayı çözmek zorundadırlar. Çünkü ancak bu sayede kendilerini ve tabi dünyayı kötülükten kurtaracaklardır.

Küçük kızının başka bir insanın anılarına sahip olduğunu iddia etmesiyle huzursuzluğu giderek tırmanan bekâr bir anne, ailesinin acı dolu geçmişiyle yüzleşmek zorunda kalır.