Tokyo Polis Şubesi Siber Suçlar Soruşturma Bölümü "YOURTUBE" adlı web sitesinde bir video bulur.Videoda yüzü gazete ile örtülü bir adam yemek üretim şirketinde bir yangın çıkacağına dair haber verir.Kısa sürede daha çok şiddet içeren suçlar bildirilmeye başlar. Geitsu videoları gönderen Shinbunshi grubun asıl adamıdır. IT şirketinde geçici işçi olarak çalışmış ve haksız yere işten çıkarılmıştır.Daha sonra el işçiliği yapmaya başlar ve Shinbushi'deki diğer üyelerle tanışır. Müfettiş Erika ve Siber Suçlar Soruşturma Bölümü dedektifleri onu araştırmaya başlarlar.

Onyedinci yüzyılda yaşayan iki Portekizli Cizvit rahip olan (hayatlarını İsa gibi yokluk içinde geçirmeyi ilke edinen) Sebastião Rodrigues (Andrew Garfield) ve Francisco Garrpe (Adam Driver), onlara yıllarca akıl hocalığı yapmış Cristóvão Ferreira’nın (Liam Neeson) Japonya’da dinini inkar ettiği haberini almıştır. Buna inanmakta zorluk çeken iki genç rahip, durumu kendi gözleriyle görüp incelemek, bir yandan da misyonerlik görevini sürdürmek için Japonya’ya giderler. Burada inançlarını gizli olarak sürdüren gizli Hristiyanlarla birlikte büyük baskı ve zorluklara maruz kalacaklardır.

Samurai Marathon 260 yıldır dünyaya kapalı bir şekilde, barış içinde yaşayan Japonya'ya, Amerikan emperyalistler gelir. Ülkenin efendisi amaçlarının dostane olmadığını farkeder ve barış içinde yaşamaya alışıp güçten düşen samuraylarını eğitmek ve güçlendirmek amacıyla uzun bir maraton düzenler.

Kengo Kosaka adında genç bir adam aşırı mizofobiden muzdariptir. Kompulsif bozukluğu nedeniyle kimseyle ilişki sürdüremiyor. Kengo Kosaka da yalnız bir genç adamdır. Bu arada lise öğrencisi Hijiri Sanagi'nin skopofobisi var. Kendisine bakılmasından korktuğu için okula gitmeyi reddediyor. Hem Kengo Kosaka hem de Hijiri Sanagi başka biriyle aşk bulmayı beklemiyorlar ama tanışıp aşık oluyorlar.