Mystery Inc.?in kapatılmasının üzerinden iki yıl geçmiştir. Scooby Doo, dedektif arkadaşları Fred (Freddie Prinze Jr.), Daphne (Sarah Michelle Gellar), Shaggy(Matthew Lillard) ve Velma (Linda Cardellini) ile birlikte Spooky Adası?na gönderilirler. Görevleri Spring Break bölgesindeki sıradışı olayları incelemektir.Spooky Adası'nın sahibi Emile Mondavarious (Rowan Atkinson) da buranın gerçekten perili olduğundan korktuğu için dedektifleri biraraya getirmek ve onlara yardımcı olmak istemektedir.Scooby ve arkadaşları kendi kişisel farklılıklarını bir yana bırakıp birlikte hareket etmek ve olayı çözmek zorundadırlar. Çünkü ancak bu sayede kendilerini ve tabi dünyayı kötülükten kurtaracaklardır.

Sevimli Köpek Scooby ile eğlence devam ediyor... Televizyonların yıllardır en sevilen animasyon dizisinden sinemaya uyarlanan film, ilk yapımın büyük gişe başarısından sonra yeniden sevimli kahramanların macerasını anlatıyor. Scooby-Doo 2: Canavarlar Kaçtı'da Sırlar Şirketi'nin sevimli üyesi köpek Scooby, takımın diğer üyeleri; Shaggy (Matthew Lillard), Fred (Freddie Prinze Jr.), Daphne (Sarah Michelle Gellar) ve Velma (Linda Cardellini) ile yeni bir sırrı çözmek için tekrar birarada karşımıza geliyorlar. Ancak bu sefer onları çok zorlayan bir TV muhabiri olan Heather Jasper-Howe (Alicia Silverstone) takımın daha fazla güçlükle karşılaşmasına neden oluyor.