Mystery Inc.?in kapatılmasının üzerinden iki yıl geçmiştir. Scooby Doo, dedektif arkadaşları Fred (Freddie Prinze Jr.), Daphne (Sarah Michelle Gellar), Shaggy(Matthew Lillard) ve Velma (Linda Cardellini) ile birlikte Spooky Adası?na gönderilirler. Görevleri Spring Break bölgesindeki sıradışı olayları incelemektir.Spooky Adası'nın sahibi Emile Mondavarious (Rowan Atkinson) da buranın gerçekten perili olduğundan korktuğu için dedektifleri biraraya getirmek ve onlara yardımcı olmak istemektedir.Scooby ve arkadaşları kendi kişisel farklılıklarını bir yana bırakıp birlikte hareket etmek ve olayı çözmek zorundadırlar. Çünkü ancak bu sayede kendilerini ve tabi dünyayı kötülükten kurtaracaklardır.

Tehlike nerdeyse Triton genellikle onun tam ortasındadır ve de oyunu kurallarına göre oynamamaktadır.Irak'taki görevinden isteği dışında terhis edildikten sonra,Triton'un güzel eşi Kate korkunç bir katilin acımasız mücevher hırsızları çetesi tarafından kaçırılır!Şimdi triton onu kurtarmak için,en güçlü silahını yani kendisini kullanarak savaşmak zorundadır!