Dört kaplumbağa kanalizasyona düşer ve New York'a gönderilen ve kanalizasyonda yaşamaya zorlanan Japon bir adam olan Hamato Yoshi ile arkadaş olur. Bir gün, dört kaplumbağayı insan benzeri yaratıklara dönüştüren garip bir yeşil parıltı görür. Hamato (şimdi Master Splinter), yeşil parıltıdan dev bir fareye dönüşür ve Yoshi'nin ezeli düşmanı Shredder ve Dimension'dan uzaylı bir savaş ağası olan Krang'a karşı savaşmak için haber muhabiri April O'Neil ile birlikte savaşırken kaplumbağalara ninja becerilerini öğretir. X.

Ninja Kaplumbağalar, Nickelodeon'da yepyeni bir animasyon dizisiyle geri döndü! Leonardo, Michelangelo, Raphael ve Donatello isimli kaplumbağalar, on beşinci yaş günlerinde ilk kez yüzeye çıktıklarında, lağımlardaki hayatın aslında düşündükleri gibi olmadığını fark ederler. Şimdi kaplumbağalar, New York şehrini ele geçirmek için ortaya çıkan yeni düşmanları alt etmek için bir ekip olarak birlikte çalışmalıdır.