Kötü kalpli Doktor Eggman, Tavşan Cream'i kaçırmıştır. Sonic, Eggman'ın elinden arkadaşını kurtarmaya çalıştığı sırada kaos zümrütlerinin sebep olduğu büyük bir patlama meydana gelir. Sonunda Sonic ve arkadaşları kendilerini insanların dünyasına ışınlanmış olarak bulacaklardır. Burada Sonic'in başı kendisini yakalamak isteyen polislerle derde girecek ve onlardan kaçarken düştüğü havuzda Chris Thorndyke adlı küçük bir çocuk tarafından kurtarılacaktır.

Naruto, Sasuke ile şelaledeki dövüşünün ardından Sasuke'yi geri getirmekte başarısız olmuştur. Orochimaru'nun Sasuke'nin vucudunu tamamen ele geçirmesi 3 yıl sürecektir. Bu süre içinde Naruto'nun, Sasuke'yi geri getirmesi gereklidir. Ancak bu kez Sakura da Naruto'ya yardım etmeye karar verir. Bu yüzden Naruto; Jiraiya'nın, Sakura; Tsunade'nin öğrencileri olur ve eğitimlerine başlarlar. Tüm bunlar olurken Akatsuki'nin başka planları vardır.

Naruto, içine hapsedilmiş kyubii (9 kuyruklu efsanevi tilki) yüzünden Konoha halkı tarafından yaratık olarak görülüp kenara itilmiş bir çocuktur. Naruto'nun bütün hedefi Ninja akademisini bitirip Hokage olmaktır. Akademi'nin ilk bölümünü bitirip genin olarak mezun olan Naruto, arkadaşları Sakura ve Sasuke ile chunin olabilmek için yeni eğitimlerine başlarlar. Yaramaz ve bir o kadar heyecanlı bir kişiliğe sahip olan Naruto, içindeki kyuubinin gücünü yavaş yavaş öğrenecektir.