Kunugigaoka Ortaokulu öğrencilerinin mezun olmadan önce bir görevi vardır; o da Ay’ın %70’ini yok eden ve 1 yıl içinde Dünya’yı da yok edecek olan öğretmenleri Koro-sensei’yi öldürmektir. İşin aslına bakacak olursak Dünya’yı bir yıl içinde yerle bir edeceğini duyuran Koro-sensei; bundan önce tüm ülkelere şöhreti kötü 3-E sınıfının öğretmeni olup 1 yıl süreyle öğrencilere kendisini nasıl öldürebilecekleri konusunda eğitim vermeyi önerir.

Kōdo Ikusei Lisesi, ayrıcalıklarla dolu bir okuldur. Bu okulda giyim, kuşam, saç tarzı, takılar vb... gibi konuların bir önemi yoktur. Her şey sizin yaratıcılığınıza bırakılmıştır. Ülkedeki en gelişmiş tesislere sahip olan Ikusei Lisesi'nin öğrencileri, üniversiteye girme ya da iş bulma konusunda neredeyse hiçbir zaman sıkıntı çekmemektedir. Kısacası bu lise tam da hayallerinizdeki gibidir. Tek bir farkla. Bu ayrıcalıklardan yalnızca en üstün öğrenciler faydalanmaktadır.rnKahramanımız Kiyotaka Ayanokōji da bu liseye kayıt olmak için başvuranlar arasındadır. Fakat dikkatsizliği yüzünden başarısız olarak "çöplerin sınıfı" olarak adlandırılan D sınıfına atılır. Ne var ki burada tanıştığı Suzune Horikit, Kikyō Kushida ve diğer iki öğrenciyle beraber Kiyotaka’nın durumu da yavaşça değişmeye başlayacaktır.