Özel araştırmacı Kogoro, Tokyo Zirvesindeki devasa Okyanus tesisine bir patlama yapmakla suçlanıyor. Kogoro tutuklandı ve Conan ismini temizlemek için bir soruşturma yürütüyor. Ancak, bu pek çok isimle giden bir Siyah Örgüt üyesi olan Tooru Amuro'nun soruşturmasına müdahale etmesi zorlaşıyor.

Yıl 2131; gelecek kaçınılmaz bir şekilde gelmiş ve beraberinde de büyük bir savaşı getirerek Dünya’nın büyük kısmı harap bir hal almıştır. Bu harabeler arasında, eski bir asker olan Deunan Knute robotlara karşı bir savaş sürdürmektedir. Bir gurup robota saldırmayı plânlamış ve tuzak kurmuştur. Çatışma başladığında hemen hemen bütün ekibini kaybeder ve yakalanır. Tam her şeyin sonu geldi denirken ortaya çıkan ES.W.A.T yazılı özel yapım robotlar Deunan’ı kurtarır. Meydana gelen ufak çatışma sonucunda saldırgan robotlar yok edilir ve Deunan baygın olarak uçağa bindirilir. Kendine geldiğinde ise hiç bilmediği bir yerde ve Bioroid denilen insanlarla karşılaşmıştır. Ancak asıl önemlisi uzun zaman önce kaybettiği ortağı Brialeos ile karşılaşmıştır, gerçi bu karşılaşma Deunan için tam bir şok olmuştur. Şimdi ES.W.A.T için çalışması ve Olimpus’un geleceğini koruma altına alması teklif edilmiştir. Asıl gerçek ise çok daha yakında O’nu beklemektedir.