Ortaokul 2. sınıf öğrencisi Amano Yukiteru, arkadaş edinmekte güçlük geçen bir çocuktur. Kendisini bir izleyici olarak tanımlar ve her gördüğünü cep telefonundaki günlüğe yazar. Yalnızlık acısı çektiği zamanlarda Yukiteru Deus Ex Machina adında zaman ve mekanın efendisi olan bir arkadaşı olduğu şeklinde hayaller kurmaya başlar.

Iwanaga Kotoko 11 yaşında iken, bir youkai tarafından kaçırılır. İki hafta alıkonulan Kotoko’ya, ruh ve insan dünyası arasında iletişim kurması için ‘Bilgelik Tanrısı’ olması teklif edilir. Bu teklifi düşünmeden hızlıca kabul eden Kotoko, buna karşılık sağ gözü ve sol bacağını kaybeder. Şimdi yani altı yıl sonra, başı sıkışan her youkai, Kotoko’ya danışmaktadır. Bu arada, 22 yaşında bir üniversite öğrencisi olan Kurou Sakuragawa, sevgilisinden yeni ayrılmıştır. Bunu fırsat bilen ve bir gün Kurou ile evlenme hayali kuran Kotoko, hemen harekete geçer. Bir youkai hadisesi esnasında kendisine iyileştirici güçler bahşedilmiş Kurou’ya; çeşitli doğa üstü olayları çözmek ve kaçak youkailerin icabına bakmak için birlikte çalışmayı teklif eder. Ayrıca yeni ortağının duygularına karşılık vermesini beklemektedir.