Film 3 hikayeden oluşuyor.1. Hikaye: Ailesinin iş değişikliğinden dolayı Akari Shinohara, ilkokulu bitirdikten sonra Takaki’den ayrılmak zorunda kalmıştır. Takaki ve Akari arasındaki derin bağlar, onların bugüne kadar birbirlerinden kopmasını engellemiş ve birbirleriyle mektuplar yoluyla iletişim kurmuşlardır. Ancak Takaki, ailesinin Kagoshima’ ya taşınacağını öğrenince bu fırsatı değerlendirerek trenle Akari’nin ziyaretine gitmeye karar verir.2. Hikaye: Yıllar geçmiş ve Takaki lise son sınıf öğrencisi olmuştur. Takaki, hala Akari için mektuplar yazmakta fakat bu mektupları Akari’ye göndermemektedir. Bu sırada Takaki’nin sınıf arkadaşı Kanae Sumita, takaki’ye aşık olmuş ancak Takaki’ye açılmak için gerekli cesareti toplayamamıştır.3. Hikaye:Yıl 2008, Akari ve Takaki’nin yolları ayrılmıştır. Takaki, bir bilgisayar programcısı olarak artık Tokyo’da yaşamaktadır. Akari ise evlilik hazırlığı yapmaktadır. Bir gün, Takaki, trenyolunun orada, kendisine tanıdınık gelen bir bayan görür.

Takao, ayakkabı üretimi yapmak için eğitim alan bir gençtir. Okuldan ayrılır ve Japon bahçe stili ayakkabılar dikmektedir. Günün birinde kendinden yaşça büyük Yukino adlı bir kadınla tanışır. Zamanla birlikteliğe dönen bu ilişkinin en ilginç yanı; bahçede sadece yağmurlu günlerde denk geliyor olmalarıdır.

Mitsuha Miyamizu, kırsal kesimde, dağların etrafını sardığı bir kentte yaşamaktadır. Vali olan babası genellikte evde bulunmadığından evinde daha çok ilkokul öğrencisi kız kardeşi ve büyük annesiyle kalan Mitsuha her ne kadar dürüst bir kişiliğe sahip olsa da ailesinin Shinto tapınağına ait geleneklerden ve babasının seçim kampanyasında yer almasından hiç hoşlanmamaktadır. Kırsal kesimde yaşadığı için içten içe üzülmekte ve Tokyo’daki harikulade şehir hayatını arzulamaktadır. Taki Tachibana ise Tokyo’nun merkezinde yaşayan liseli bir gençtir. Arkadaşlarıyla zaman geçirmekten hoşlanan ve bir İtalyan restoranında yarı zamanlı çalışan Taki, mimariye ve güzel sanatlara ilgi duymaktadır. Günlerden bir gün rüyasında daha önce hiç gitmediği dağlar arasına kurulmuş bir şehirde yaşayan genç bir kız olduğunu görür. Mitsuha ise erkek olduğu bir rüya görecektir. Rüyalarının arkasındaki sır nedir?