Film dünyanın en kötü şöhretli büyü loncası Faiy Tail'in önüne çıkan Eclair isimli gizemli bir kız etrafında döner. O iki Phoenix taşını bir yere götürmesi gerekliliği dışında tüm hafızasını kaybetmiştir. Taşlar tüm büyü dünyasının yıkımına sebep olabilecek güçtedir ve Natsu, Lucy ve diğer Fairy Tail loncası üyeleri bu olayların ortasında kalmıştır.

Dragon Cry, ölümcül gücün büyülü bir eseridir. Ejderhaların uzun yokluklarının öfke ve kederinin bir asa şeklini almış halidir. Şimdi, bu güç Stella ada ulusuna bu asayla kaçmış olan alçak hain Zash Caine tarafından Fiore krallığının ellerinden çalınmıştır. Bu gücün yanlış ellere düşmesinden korkan Fiore Kralı, alelacele Fairy Tail’i asayı geri almaya göndermiştir. Ama bu görev, Stella Krallığı’nın kalbinde yatan karanlık bir sırra işaret etmektedir. Dragon Cry, Fairy Tail’in çalınan asayı geri almak ve her iki krallığı da kurtarmak için tüm güçlerini toplamalarının hikayesidir.