Karakura Şehrinde tanımlanamayan ruhlar ortaya çıkar. Ichigo ve Rukia, bu tuhaf ruhlarla uğraşırken Senna adında gizemli bir “shinigami” ile karşılaşırlar. Senna, “blanks” adı verilen bu ruhları çok çabuk yok eder. Bu arada, Soul Society’de, dünyanın yansımaları gökyüzünde belirmiştir. Tōshirō ve Rangiku, bu tuhaf olayı araştırmak üzere dünyaya gönderilirler. Burada, Ichigo ile karşılaşırlar. Urahara’nın dükkânında olayları tartışırken Urahara onlara bu olaylara iki dünya arasında kalmış bir ruhun neden olduğunu söyler.

Kakashi, bir sonraki görevlerinden önce Naruto, Sasuke ve Sakura'ya sinemaya gitmelerini söyler. Naruto başrol oyuncusu aktristin büyük bir hayranıdır. Sinemadan sonra, aktristin birtakım atlı adamlar tarafından takip edildiğini görür ve kurtulmasına yardım ederler. Daha sonra Naruto aktristten bir imzasını istese de aktrist ona imza vermeyi reddeder. Üçlü geri döndüğünde Kakashi onlara yeni görevleri hakkında bilgi verir: Aktriste Snow Country'ye(Kar Şehri) giderken eşlik edecekler ve yeni filmin çekimine yardım edeceklerdir.

İkinci Ninja Savaşı sırasında Konoha tarafından yok edilen Gökyüzü Ülkesi'nin hayatta kalan üyeleri uzun zaman sonra güçlerini arttırarak Konoha'ya saldırılar. O sırada orada bulunan gizemli doktor Shinou sayesinde birçok yaralı ölümden kurtulur. Ancak Shinou'nun öğrencisi Amaru'nun köyü tehlikededir. Bu yüzden Tsunade; Naruto'nun, Sasuke'nin ve Hitana'nın doktor ile Amaru'ya eşlik etmelerini ister. Köye vardıklarında köyün harabeye döndüğünü görürler. Bu sırada gerçekleşen saldırı sırasında Shinoui, Amaru'yu kurtarmak için önüne atlar ve vücuduna saplanan kunailer yüzünden can verir. Ancak kısa zaman sonra bunun bir oyun olduğu ortaya çıkar. Shinou gerçekte kimdir ve ne istemektedir?

Konoha yıllar önce efsanevi dokuz kuyruklu tilki, kyuubi tarafından saldırıya uğramış, saldırı o dönemin hokakesi, yondaime tarafından ölümüne durdurulmuş, efsanevi dokuz kuyruklu tilki ise yeni doğmuş, kundağında yapayanlız ve hayatının geri kalanının uzun bir sürecinde de aynı yanlızlığa mahkum olan sapsarı bir bebeğin bedenine hapsedilmiştir. Aradan yıllar geçer, Naruto isimli bu bebek büyür ve Ateş Ulusunun bir ninja köyü olan Konoha'nın baş belası olup çıkar. Şimdi bu baş belasının öğretmenlerine, arkadaşlarına ve dünyaya kendisini sevdirmesini izleme, köyün koruyucusu, ninja ulusunun seçkin ninjalarından bir tanesi, köyün hokagesi olma çabasına tanık olma zamanıdır.Gel gelelim adil olmayan dünyanın Naruto'da bırakacağı izler çok farklı olacaktır.Bir çok olay yaşayan Naruto, hocası Jaraiya'nın eşliğinde çıktığı eğitim yolculuğundan döndüğünde aradan 2,5 yıl geçmiş ve yüreğini dağlayan o acılar daha hissedilir olmaya, köyün üzerinde ise kara bulutlar toplanmaya başlamıştır

Boruto Uzumaki babası 7. Hokage Naruto'nun haylazlığını ve bitmek bilmeyen enerjisini miras almıştır. Boruto chuunin sınavlarına girdiği sırada Naruto tarafından verilen sert bir karar onu sinirlendirir ve için kendi gücü ve tekniğiyle babasını geçme isteğini uyandırır. Ama bunu yapabilmesi için birinden yardım alması gerekmektedir ve bu kişi Naruto'nun hayat boyu rakibi Uchiha Sasuke'den başkası değildir. Boruto 7. Hokage'yi geçmek için her şeyi yapacağına kendini ikna etmesine rağmen kısa sürede önündeki yolun düşündüğü kadar basit ve kolay olmayacağını fark edecektir.

Hyuuga Hinata'nın kız kardeşi Hyuuga Hanabi, Ootsutsuki Toneri tarafından kaçırılmıştır ve kalbi kırık Uzumaki Naruto yeni bulduğu aşkına yardım edip onun kız kardeşini kurtarmalıdır. Bu arada Hagoromo Otsutsuki'nin yarattığı ayın da dünyaya düşüp her şeyi yok etme tehlikesi bulunmaktadır. Naruto ve arkadaşları da kendilerini her şeyin kaderini belirleyecek bir kurtarma görevinde bulurlar. Film Naruto ve Hinata arasındaki ilişkinin ilerleyişine daha çok odaklanıyor.