Parçalanan ay üssünde bir deney yapılmaktadır. Ancak başarısızlıkla sona erer ve bütün Dünya'ya zarar verir.Geriye kalan çok az sayıdaki insan topluluğu, yıkıntılar arasında yaşam mücadelesi vermektedir. Bu insanlardan biri olan Agito’ya yasakları çiğnemek her zaman için cazip gelmiştir. Yine böyle yasaklı bir işe kalkışan Agito, eski bir medeniyete ait bir kalıntı bulur ve Tula’yı 300 yıllık uykusundan uyandırır. Ancak Tula yerine getirmesi gereken bir görevi olduğunu hatırlamaktadır. Görevini gerçekleştirmek için Agito’dan ve topluluktan ayrılır. Agito kolay pes edecek biri değildir ve Tula’ya yardım etmek için orman ile bir anlaşma yapar…

Mana delicesine mutlu: Ona bir zamanlar annesine ve büyükannesine ait olan bir gelinlik verildi. Aniden hayatında gizemli bir yabancı Matthew belirir ve Mana'yı geçmişe gönderir. Kız, büyükannesi ve sevgili köpeği Maro ile yeniden tanıştığı için mutluydu ama zamanla birinin anılarını değiştirdiğini fark etti. Böyle devam ederse Mana'nın geleceği tehlikeye girecek! Ve şimdi Precure kızlarının hem geçmiş hem de gelecek anıları uğruna savaşması gerekiyor!

Dünyanın dört bir yanındaki polis güçleri tarafından tutulan güvenlik kameralarını birbirine bağlayan bir deniz tesisi olan Pacific Buoy, Tokyo'daki Hachijojima Adası yakınlarındaki sularda inşa edildi ve dünyanın dört bir yanından mühendisleri tam ölçekli operasyon için bir araya getirdi. Yüz tanıma sistemi kullanılarak yeni bir teknoloji test ediliyordu. Bu arada, Conan ve diğer çocuk dedektifler, Sonoko'nun daveti üzerine balina izlemek için Hachijojima'ya gelmişlerdi. Daha sonra Conan, Subaru Okiya'dan (Shuichi Akai) bir Europol çalışanının Almanya'da siyah bir örgüt olan cin tarafından öldürüldüğü haberini alır. Rahatsız olan Conan, bir kadın mühendisin siyah bir örgüt tarafından kaçırıldığı Pasifik Şamandırası'na sızar. Ve Hachijojima'da kalan Haibara'nın üzerinde siyah bir gölge sürünür.

Özel araştırmacı Kogoro, Tokyo Zirvesindeki devasa Okyanus tesisine bir patlama yapmakla suçlanıyor. Kogoro tutuklandı ve Conan ismini temizlemek için bir soruşturma yürütüyor. Ancak, bu pek çok isimle giden bir Siyah Örgüt üyesi olan Tooru Amuro'nun soruşturmasına müdahale etmesi zorlaşıyor.

Makoto Konno, Chiaki Mamiya ve Kousuke Tsuda aynı sınıfta okuyan çok yakın üç arkadaştır. Sürekli beraber takılan ve zamanlarını çoğunlukla beyzbol oynayarak geçiren bu üç arkadaştan Makoto, kimya laboratuarında üstüne düştüğü garip bir nesne sayesinde hayal edemeyeceği bir güce sahip olur: zamanda sıçrama. Yeni keşfettiği gücü sayesinde canı ne isterse yapmaya başlayan Makoto, gücünü kullanıp geçmişini değiştirerek geleceğine yön vermeye çalışır ancak zamanla oynamanın sandığından daha tehlikeli olduğunu ve zamanın kimse için beklemediği fark eder.