Yıl 1863. Fırtınalı samuray dönemi sona erer ve Japonya mutlak irade yandaşları ve karşıtları olarak ikiye ayrılır. Dünyanın kaderi, tarihin akışını değiştirmek için gelecekten gönderilen tarihi revizyonist bir ordu tarafından tehdit edilir. Bu kuvvetleri yenmek ve gerçek tarihi korumak için ruhları Saniwa tarafından hayata getirilmiş olan iki kılıç savaşçısı Edo'ya akın eder. Aynı efendiye hizmet eden nazik ve düşünceli Horikawa Kunihiro ile öfkeli ama yetenekli Izuminokami Kanesada; Mutsunokami Yoshiyuki, Yagen Toushirou, Tombokiri ve Tsurumaru Kuninaga'nın da içinde bulunduğu bir çeteyle birlikte işgalci orduya karşı koyarlar.rn Tarihin kaderi bu kahramanların ellerindeyken kılıcı nelerin beklediği henüz keşfedilmemişti.

Jonathan Joestar zengin, asil, herkesin arzu edeceği hayata sahip bir çocuktur. Dio Brando ise babasının ölmesiyle JoJo ailesine evlatlık gelmiş hırslı ve yetenekli bir çocuktur. Hikaye, Jonathan Joestar ve Dio Brando'dan başlayarak iki ailenin birkaç nesil boyunca birbiri ile olan mücadelesini konu almaktadır.

Kurosaki Ichigo 15 yaşında normal bir öğrencidir, ancak ölülerle iletişim kurma becerisine sahiptir. Ichigo'nun babası ve kardeşleri aileye ait bir klinik işletmektedirler. Bir gün, shinigami - ölüm tanrısı - olan Kuchiki Rukia, Ichigo'nun odasına camdan girer ve Ichigo'nun onu görebildiğine çok şaşırır. O anın kargaşasında çevreye gelen hollow - kayıp ruh - ile dövüşürlerken, Rukia güçlerini Ichigo'ya geçirir. Shinigami güçlerini alan Ichigo, Rukia ile beraber hollow'ları yok etmeye başlar.