Elric kardeşler Edward ve Alphonse ölen annelerini diriltmek için alchemy’e başvururlar. Ama insan ruhunu ile değiş-tokuş yapılacak eş değerde bir şey bulunmamaktadır. Deney sırasında büyük kardeş Edward bacağını, küçük kardeş Alphonse ise bedenini kaybeder. Edward elindeki son çareyi kullanıp Al’ın ruhunu bir zırha bağlamayı başarır ama bu esnada da kolunu kaybeder. İki kardeş annelerinin dirilmesinin imkansız olduğunu büyük kayıplardan sonra anlar. Automail sayesinde mekanik uzuvlarına kavuşan Ed, kardeşine olanların kendi suçu olduğuna inanır. Al'ın bedenini geri almak ve alchemy’i daha da iyi öğrenmek için Elric kardeşler evlerini yakıp yolcuğa çıkarlar.

Hikâye doğaüstü güçlerin bilim sayesinde, büyünün ise din sayesinde var olabildiği bir dünyada geçer. Notları tehlikeli derecede düşük olan lise öğrencisi Touma Kamijou, Imagine Breaker denen bir güce sahiptir. Imagine Breaker, diğer bütün güçleri yenebilen ama karşılığında kullanıcının iyi şansını gittikçe zayıflatan bir güçtür. Touma’nın Imagine Breaker’ının gücü gerçekten de ölçülemez derecede kuvvetlidir ve bu yüzden de talihsiz Touma’nın doğaüstü güç seviyesi sıfırdır… Touma bir gün balkonunda beyazlar içinde bir kızla karşılaşır. Kız ise büyücüler tarafından kovalandığını söyler. Aslında bu kız bir rahibedir ve anıları zorla Index-Librorum-Prohibitorum, yani kilisenin 103,000 yasak metini ile değiştirilmiştir.